یکی از مسائلی که حوزه علمیه درگیر آن است، مشخص نبودن خط اصلی علمی در حوزه است. گاهی چنان به فقه و اصول بها داده می شود که مابقی علوم حوزوی به گوشه رانده می شوند و گاها تعداد علمای علومی خاص در حوزه به تعداد انگشتان دست نمی رسد و گاهی هم بعضی از علوم را در تقابل با اصول و فقه قلمداد کرده و به این علوم ضربه وارد می شود.
واقعیت این است که مطابق فرموده مقام معظم رهبری و بیشتر علماء، آن علم اصلی که در حوزه در محوریت قرار دارد همین فقه است. فقه به معنایی که مقام معظم رهبری تعریفی دقیق و روشن از آن ارائه می کنند. فقه یعنی آگاهی از علم دین و فروع دینی و استنباط وظایف فردی و اجتماعی انسان از مجموعه متون دینی.
این جزو علومی است که هر طلبه ای در حوزه باید با آن درگیر شود و آن را بیاموزد. علم فقه همان علمی است که سعادت دنیا و آخرت افراد را مشخص می کند. نکته اینجاست که با توجه به گسترده شدن مسائل در زندگی امروزی افراد، حوزه سوالات موجود در فقه نیز گستردگی بسیار زیادی پیدا نموده است که لزوم پیشرفت در این علم را بیش از پیش گوشزد می نماید.
ما معتقدیم که اسلام دین تمام اعصار و زمانهاست و علمای بزرگ اسلام همواره بر پویایی فقه شیعی تأکید داشته اند. بنابراین می طلبد که امروز بیش از هر زمان دیگری با فقاهت و جهد و تلاش بیشتر در این زمینه به وظایف حوزه درست عمل شود.
مقام معظم رهبری بیست سال پیش در سال ۷۰ به مورد این مسأله اشاره کردند و اهمیت آن را گوشزد نمودند:
مطلب سوم این است که در حوزه ها، اساس، فقاهت است. فقه باید پیشرفت بکند. فقاهت به معناى خاص خود مورد نظر ماست. فقه به معناى عام – که آگاهى از دین است – در اینجا فعلاً مورد بحث ما نیست؛ فقه به معناى خاص، یعنى آگاهى از علم دین و فروع دینى و استنباط وظایف فردى و اجتماعى انسان از مجموعه ى متون دینى، که خیلى هم مهم است.
انسان از قبل از ولادت تا بعد از ممات احوالى دارد، و این احوال شامل احوال فردى و زندگى شخصى اوست، و نیز شامل احوال اجتماعى و زندگى سیاسى و اقتصادى و اجتماعى و بقیه ى شؤون اوست. تکلیف و سرنوشت همه ى این ها در فقه معلوم مى شود. فقه به این معنا مورد نظر ماست، که اسمش همان احکام فرعى است؛ استنباط احکام فرعى از اصول. این، اساس حوزه هاست.
البته وقتى مى گوییم فقه، مراد ما همین چیزى است که گفتیم. وقتى مى گوییم فقاهت، مراد ما آن متد کارى و شیوه ى کارى در حوزه هاست. این شیوه ى استنباط را به عنوان «فقاهت» اصطلاح مى کنیم، که در کلمات فقها هم کم و بیش به همین معنا به کار مى رود. روش فقاهت، یعنى همین روش رد فروع به اصول، و استنباط از اصول و مبانى استنباط – کتاب و سنت و عقل و اجماع – و کیفیت این استنباط و تقابل میان ادله و ترتیب و نوبتبندى ادله ى مختلف، که اول به چه مراجعه کنیم؛ فرضاً اول به ادله ى اجتهادى مراجعه مى کنیم، به ظواهر مراجعه مى کنیم؛ اگر ظواهر تعارض داشتند، چه کار بکنیم؟ اگر ظواهرى نداشتیم، چه کار بکنیم؟ نوبت اصول عملیه کى مى رسد؟ کدام اصل بر کدام اصل دیگر مقدم است؟ و از این قبیل. این شیوه یى که ما در علم اصول آن را مى خوانیم، اسمش را «فقاهت» مى گذاریم. پس، مبنا در حوزه هاى علمیه فقه است، به معناى آن علمى که گفته شد؛ و شیوه ى فقاهت است، به این معنایى که بیان شد.
مقام معظم رهبری در بیست سال پیش از این یعنی ۳۱ شهریور ماه سال ۱۳۷۰ ضرورت این مسأله را گوشزد نموده بودند، ولی متأسفانه مثل سایر ارشادات دیگری که ایشان در مورد حوزه داشتند، این نکته ظریف و مهم هم نیز مغفول ماند.